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优化网站结构有两方面的意思：一是物理结构，二是逻辑结构。
　　1、逻辑结构，网站结构的第二个意义指的是逻辑结构或链接结构。也就是由网页内部链接所形成的逻辑的或链接的网络图。
　　比较好的情况是逻辑结构与前面所说的树型物理结构相吻合。
　　你可以清楚地看到这些链接会很自然地形成一个树型的网络图。这种逻辑的或链接的网络可以与物理结构重合，也可以不一样，比如扁平式的物理结构网站也有效可以通过链接形成逻辑上的树型结构，对搜索引擎来说更重要的是由链接形成的逻辑结构。
　　有不少人存在误解，认为物理结构比较深的网页不容易被搜索引擎收录，像这样物理目录结构比较深的网页是不是就不容易被收录呢？那不一定，如果这个页在网站的*页上有一个链接，对搜索引擎来说，它就是一个仅次于*页的二级网页。收录的容易与否决定于离*页有几次点击的距离，而不是它的物理位炭。
　　对稍有些规模的网站来说。一般树型逻辑结构的网站是比较好的。从我观察的网站来看，大部分中国网站的逻辑关系比较消楚，常见的CMS内容管理系统已经做好框架，无需站长费神。一些纯html的静态企业网站更需要注意网站的逻辑结构。
　　2、物理结构。
　　网站物理结构指的是网站真实的目录及文件所存储的位置所决定的结构。一般来说，比较好的物理结构可以有两种。一是扁平式的，也就是所有网贞都存在网站根目录下。所有这些网页都放在根日录这一级别，形成一个扁平的物理结构。这比较适合于小型网站，如果太多文件都放在根目录下的话，制作和维护拐来都比较麻烦。容易弄乱。就算是由CMS系统自动生成目录和文件名，网站运营人员不怕麻烦，但用户和搜索引擎也可能无法理解网站结构。
　　第二种是树型结构，也就是根目录卜分成多个颜道。或者叫类别、目录等，然后在每一个频道下面再放上属于这个预道的网页。树型结构很方便地显示出网站的内容框架，是大网站必须采取的方式。